MAU berhasil mengakulturasikan pembelajaran berbasis pondok pesantren dan sains sehingga para santri mendapatkan wawasan yang seimbang antara agama, sains dan teknologi. Program-program yang ada di MAU juga dapat mengoptimalkan santri berpikir kritis serta membangun sumber daya manusia yang berkualitas. Hal inilah yang nantinya akan sangat dibutuhkan dalam dunia akademik dan profesional.